Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü Hacettepe Üniversitesi öğretim üyesi Prof. Dr. Güneş Esendağlı, Ege Üniversitesi öğretim üyesi Doç. Ayşe Caner, Antalya Bilim Üniversitesi Öğretim Üyesi Doç. Dr. Hilal Kazan’ın araştırmacı olarak yer aldığı “Tümör ilişkili makrofajların plastisitesinde alternatif transkript izoformlarının biyobelirteç özelliklerinin tek hücreli RNA dizileme yaklaşımı ile araştırılması” başlıklı proje, Araştırma ve Geliştirme Projeleri’ne dayandırılmıştır. Türkiye Sağlık Enstitüleri (TÜSEB) Destek Programı.
Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, üretken bilim insanı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ı tebrik ederek başarılar diledi.
Proje hakkında bilgi veren Dr. Öğr. Gör. tümör dokusuna sızarak. Bu farklılaşmış rolleri tetikleyen veya geçirgenliğe aracılık eden altta yatan moleküler sistemler artık tam olarak net değil. Makrofajların işlevsel uzmanlaşması ve mikroRNA’ların birlikteliği, 3′-UTR yoluyla düzenlemenin varlığını gösterir ve alternatif poliadenilasyon tarafından oluşturulan transkript izoformlarının saptanmasının değerini vurgular. Tek hücreli RNA dizileme teknolojilerinin ilerlemesi ile bu ilginin moleküler nedenleri doku gürültüsünden uzaklaşmış ve benzer genetik programlara sahip hücre tipleri üzerinde araştırılma olanağı bulmuştur. Bu proje, makrofaj polarizasyonu ile obur hale gelen işlevsel alt hücre kümelerine özgü alternatif poliadenilasyon profillerini tanımlamayı ve bu özelleşmiş kümelerin tümör mikroçevresi etrafındaki dağılımını belirlemeyi amaçlamaktadır.
Araştırmanın amaçlarından bahseden Dr. Öğr. Gör. Yasin Kaymaz, “Tek hücre dizileme verilerinden alternatif poliadenilasyon verileri ile başa çıkabilen biyoinformatik analiz algoritmaları geliştirmektir. Geliştirilecek modellerde referans veri olarak kullanılacak makrofaj polarizasyon deneylerini gerçekleştirmek. “Amaç, tümörle ilişkili makrofajların özelleşmiş alt kümelerinde biyobelirteç olma potansiyeline sahip küçük hücreli olmayan akciğer kanseri tümör mikroçevresindeki transkript farklılaşmalarını incelemektir.”
Öğr. Gör. Yasin Kaymaz, “Projenin benzersiz yaklaşımı, özel alt makrofaj kümelerini biyoinformatik bir bakış açısıyla karakterize etmek amacıyla tek hücre dizileme bilgisini farklı bir bakış açısıyla işlemek. Küresel transkriptom ölçeğindeki özel makrofaj alt kümelerinin UTR uzunluk varyasyonları ile potansiyel mikroRNA tabanlı düzenleme arasındaki bağlantı açısı, çalışmanın bir başka benzersiz değeridir. Ayrıca, makrofaj polarizasyonundan sonra üretilecek tek hücreli RNA dizisi verilerinin, TAM’lerin aydınlatılması için bir referans model olarak kullanılacak olması, projenin değerli ve benzersiz bir yaklaşımıdır. Bu proje, tek hücre sıralama verileriyle tümörle ilişkili makrofajların alt kümelerinin biyobelirteçleri olma potansiyelinde transkriptomik farklılıklar elde etme fırsatı sağlar. 4 ana aşamadan oluşan proje, biyoinformatik algoritma geliştirme süreci, denetimli deneyle referans veri üretimi, hücre altkümelerini belirleyen model geliştirme ve geliştirilen modelin tümör biyopsisinde test edilmesi şeklinde 9 iş paketini içermektedir. örneklem. 24 ayda tamamlanması planlanan bu proje, Ege Üniversitesi, Hacettepe Üniversitesi ve Antalya Bilim Üniversitesi işbirliğiyle çeşitli aşamalarda gerçekleştirilecek ve disiplinler arası yüksek alanların (biyoinformatik, bilgisayar, bilgisayar) etkileşimini ve akademik verimliliğini artıracaktır. mühendislik, immünoloji, moleküler onkoloji). Son teknoloji moleküler tekniklerden biri olan tek hücreli RNA dizileme yöntemlerinin en düşük maliyetli ve yüksek verimli yönteminin ülkemizde ilk kez uygulanma imkanı verecek olan bu proje, ülkemize hem ekonomik hem de akademik açıdan teknoloji transferi sunabilecek potansiyele sahip. Ayrıca proje, biyoenformatik geliştirme ve laboratuvar deneyimlerinde aktif rol alacak yüksek lisans ve doktora öğrencileri yetiştirerek akademiye katkı sağlayacaktır.”
Kaynak: (BYZHA) – Beyaz Haber Ajansı
